Su función es impulsar las actividades de la ECPA con el apoyo de la Unidad de Coordinación Técnica, promover el diálogo político, fomentar el intercambio de prácticas óptimas, contribuir al fortalecimiento de capacidades y facilitar la coordinación regional y la diplomacia en torno a la energía limpia. Los países que componen el Comité Directivo lideran pilares o áreas temáticas específicas relacionadas con la energía.
En la Segunda Reunión Ministerial, realizada en Mérida, México, en mayo de 2015, las autoridades destacraon la necesidad de vigorizar la operatividad de la Alianza. Para ello, establecieron un Comité Directivo que guía las acciones de la ECPA. Este cuerpo colegiado ofrece un espacio propicio en el que los gobiernos asumen un papel de liderazgo, impulsan las acciones de los sectores público y privado e identifican recursos para instrumentar iniciativas.
Durante la Tercera Reunión Ministerial, realizada en Viña del Mar, Chile, en septiembre de 2017, Argentina y Panamá expresaron su interés en formar parter del Comité Directivo de ECPA. El Comité Directivo ha quedado conformado por Estados Unidos y México, en el área de América del Norte; por Costa Rica y Panamá, en América Central; Jamaica, Trinidad y Tobago y República Dominicana, en representación del Caribe; y Argentina y Chile, por parte de América del Sur. El fortalecimiento de esta estructura permite augurar una conducción sólida y representativa a los intereses y particularidades de cada región.